La Sala de lo Constitucional expulsó del ordenamiento jurídico los artículos 1, 4 y por conexión 2, 3, 4, 5, 6 y 7 de Ley de Amnistía General para la Consolidación de la Paz de 1993, por contradecir los artículos 2 incisos 1° y 3° y 144 inciso 2° de la Constitución, en vista que el alcance de la amnistía es contraria al derecho de acceso a la justicia, a la tutela judicial de derechos fundamentales y al derecho a la reparación integral de las víctimas de crímenes de lesa humanidad y guerra.

La sala considera que la extensión objetiva y subjetiva de la amnistía de dicha ley viola el ordenamiento jurídico, ya que es contraria al derecho de protección de los derechos fundamentales porque impide que el estado investigue, prevenga, enjuicie y sancione violaciones a derechos. Además, la amnistía, de la forma en que se encontraba estipulada en la Ley General de Amnistía para la Consolidación de la Paz, extinguía la responsabilidad civil, lo cual contradice el derecho constitucional que tienen las victimas de tener una reparación por el daño moral causado.

La sala expresó que, si bien es cierto que el derecho internacional permite el uso de la amnistía tras el fin de un conflicto armado, no implica que la Asamblea pueda dictar una amnistía absoluta e irrestricta desconociendo las obligaciones constitucionales e internacionales que tienen los estados para proteger los derechos fundamentales. De la misma forma, en la sentencia se hace hincapié en que los crímenes de lesa humanidad son imprescriptibles, por tanto, en el ordenamiento jurídico interno no se pueden emplear medidas que entorpezcan el derecho a la justicia.

Para efectos de la aplicación de la amnistía se entenderá que no aplica a aquellos hechos que son atribuidos a ambas partes y que pueden ser calificados como crímenes de lesa humanidad o guerra, asimismo no aplicará tanto para autores directos, coautores o autores mediatos, los cuales son los casos incluidos en el informe de la Comisión de la Verdad y otros de igual naturaleza, los cuales no han prescrito. La sentencia tuvo el voto disidente del magistrado Belarmino Jaime.

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